Ein magnetisches Feld, das an einem elektrischen Leiter vorbeibewegt wird, induziert in diesem Leiter eine Spannung.
Je schneller die Magnetfeldänderung und je stärker das magnetische Feld ist, desto höher ist die induzierte Spannung.
Andersrum erzeugt auch jeder stromdurchflossene Leiter ein elektromagnetisches Feld. Aber das nur am Rande, das ist hierbei gerade nicht wichtig.
Wirkt nun also durch EMP ein starkes elekromagnetisches Feld auf die Bordelektronik (beispielsweise ein IC, der schon in den frühen 80er Jahren kontaktlose Zündanlage ermöglichte), so wird in die Leiter der Bordelektronik eine gewisse elektrische Spannung induziert.
Ist diese Spannung nun größer, als das Bauteil (der IC) abkann, geht das Bauteil eben kaputt. Mit den Windungen der Zündspule hat das ganze nix zu tun. Da wird bei jeder Zündung Spannung induziert - die Zündspule steht da drauf ;-)