Nö, müssen sie nicht. Begriffe im Strafrecht, Zivilrecht und öffentlichen Recht können unterschiedliche Definitionen haben, weil die Richtung und Zielsetzung unterschiedlicher Regelungen unterschiedlicher Definitionen im Wortlaut gleicher Begriffe bedarf.
Das Strafrecht möchte einen Wohnungsbegriff, der die Privatsphäre besonders gegen äußere Einflüsse die erhebliche psychologische Folgen für die Betroffenen haben können schützt, und nutzt deshalb eine sehr weite Definition, die auch Wohnwägen oder andere nicht dauerhafte oder ortsfeste Wohnungen erfasst. Und schärft noch mal bei "dauerhaft genutzten Privatwohnungen" nach, weil dort Eingriffe entsprechend nochmals gravierender sind.
Das Waffenrecht als besonderes Verwaltungsrecht möchte, dass Waffen grundsätzlich nur an Orten aufbewahrt werden, die regelmäßig durch den Berechtigten bewohnt werden, um eine weitere Ebene des Schutzes vor Abhandenkommen oder zumindest das schnelle Bemerken zu garantieren, und eine weitere physische Barriere zu haben, die das Entwenden erschwert. Zugleich möchte das Waffenrecht auch dafür sorgen, dass Waffen grundsätzlich an bekannten Orten verwahrt werden.
Beides kann bei einem Boot hinreichend gegeben sein, muss es aber nicht.
Nur als Beispiel: Ein Wohnwagen unterfällt dem strafrechtlichen Wohnungsbegriff bspw. aus § 244 I Nr. 3 StGB, genau wie dem Wohnungsbegriff der StPO, des GG oder der Landespolizeigesetze. Dennoch wird keine Waffenbehörde dir die dauerhafte Aufbewahrung in einem Wohnwagen erlauben...